سونیک، ناکلز و تیلز دوباره گرد هم می‌آیند تا با یک دشمن قدرتمند جدید به نام شادو روبرو شوند، یک شرور مرموز با توانایی‌هایی که تا به حال با چیزی شبیه آن مواجه نشده‌اند. با توجه به اینکه توانایی‌هایشان در برابر شادو کافی نیست، تیم سونیک مجبور می‌شوند به دنبال یک اتحاد غیرمنتظره باشند.